De acuerdo con las autopsias y otros estudios preliminares había indicios de una acción deliberada, ya que se encontraron sustancias no aptas en los cuerpos de las víctimas.
En consecuencia, la justicia provincial dispuso una exhaustiva investigación en la sala neonatal del nosocomio, tras la cual Agüero apareció como la principal sospechosa, pero no la única, ya que también están involucrados médicos, otras enfermeras y personal administrativo.
Entre los acusados se encuentra el exministro de Salud de Córdoba, Diego Cardozo, señalado por presuntas irregularidades en la supervisión del hospital durante su gestión. De todas maneras, renunció a su cargo luego de revelarse lo sucedido en el Neonatal.