El equipo fue fundado en 1984, poco después del retorno de la democracia, en el marco de la búsqueda de personas desaparecidas durante la última dictadura militar. Ese mismo año, la Comisión Nacional sobre la Desaparición de Personas (Conadep) y Abuelas de Plaza de Mayo solicitaron asistencia internacional para desarrollar métodos científicos que permitieran identificar restos humanos hallados en fosas clandestinas.
Hoy, el EAAF ha vuelto, una vez más, al centro de la escena por su rol destacado en la identificación de 12 personas asesinadas en el centro clandestino de detención La Perla, que funcionó en la provincia de Córdoba durante la última dictadura militar. Durante una conferencia de prensa, el equipo informó los resultados de la campaña 2025 de búsqueda y recuperación arqueológica de personas desaparecidas en el centro cordobés, uno de los más infaustos de los casi 800 que funcionaron en el régimen instaurado en 1976.
Según detallaron, entre septiembre y noviembre del 2025 integrantes del EAAF retomaron las excavaciones en la zona de la Loma del Torito, en el predio que actualmente es la Reserva Natural Militar La Calera. Lo hizo con la colaboración del Departamento de Geología de la Universidad Nacional de Río Cuarto y del Servicio de Antropología Forense del Poder Judicial de Córdoba.
De acuerdo a los testimonios de la causa, en la zona investigada existieron fosas que fueron removidas y los cuerpos que estaban allí fueron llevados a otro lugar. Durante los trabajos de 2025 se hallaron restos óseos humanos desarticulados y evidencia de antiguas fosas, algo consistente con los testimonios.