Durante el juicio se analizarán pruebas técnicas, incluido el material fílmico del hallazgo registrado por el buque Ocean Infinity, así como documentación confidencial remitida por la Armada bajo secreto militar.
El expresidente Macri y su entonces ministro de Defensa, Oscar Aguad, fueron mencionados en la etapa de instrucción, pero no fueron convocados como testigos.
Tras desaparecer (perder conexión con la superficie) el 15 de noviembre de 2017 mientras navegaba desde Ushuaia hacia Mar del Plata, la búsqueda del ARA San Juan se extendió durante más de un año. Fue hallado en noviembre de 2018 a casi mil metros de profundidad y a unos 600 kilómetros de la costa de Comodoro Rivadavia.