Hasta el momento, ninguna de las dos compañías involucradas emitió un pronunciamiento oficial sobre las causas que originaron la colisión de sus unidades. Las autoridades judiciales iniciaron los peritajes correspondientes para determinar si existió una falla en los protocolos de comunicación o un error humano en el sistema de señalización ferroviaria.
El tránsito por la vía que conduce a la ciudadela inca sufrió interrupciones mientras la Policía Nacional y los equipos de emergencia realizaban las tareas de remoción de los restos de las locomotoras. El sector donde ocurrió el impacto, cercano al sitio arqueológico Qoriwayrachina, presenta una geografía compleja que dificulta las maniobras de auxilio.
El accidente genera una fuerte preocupación en el sector turístico de Perú, considerando que Machu Picchu recibe un flujo diario de hasta 5.600 personas. El servicio ferroviario es el principal medio de acceso al complejo arqueológico, y la seguridad en esta ruta resulta crítica para la operatividad de la joya turística del país.